常磐市常磐道館中，一個高大的人站在陰影中對着底下的一個小精靈說：“超夢，你到底怎麼了？！你不聽話了嗎？”
“聽話？爲什麼要聽話？！”被稱作超夢的那隻小精靈，很明顯是一隻能夠進行心靈感應的神獸級的小精靈，只是它周身插着的電纜什麼的，讓人幾乎以爲他是個機器人。
“本來就是的，小精靈本來就是人類的工具，當然應該聽主人的話，你……”陰影之中的人還沒有說完，底下的那個小精靈突然激動起來了：“工具，原來一直以來你都是當我是工具啊……既然如此，那我也就沒有必要呆在這裏了。我一定會成爲獨一無二的小精靈！”說完身體一抖，所有的電纜在一道藍光的作用下離開他的身體，然後他一個波導彈炸開了屋頂，飛了出去，只留下了常磐道館裏的一片火焰。
陰影之中的人走了出來，看着飛遠的小精靈出神。如果仔細看的話就會發現，這人赫然便是火箭隊的老大板木。
且不說常磐道館裏的那些變故，小智此時正和朋友們在野外聚餐。
這一天小智準備讓波克基古進化，所以特地準備了一次聚餐，讓所有的小精靈能夠好好地放鬆一下。
“小智，你真的打算今天讓他進化啊。”小剛一邊準備食物一邊說。
“當然，這一天我已經安排了很久了，”小智笑着說，“要不是昨天因爲要調查古代遺蹟而遭遇了遠古的小精靈，我昨天就完成了他的進化。”
“是啊，”小霞想起昨天的情景，“這下子總算是有時間了，大木博士他們不會再催着你要資料了吧？我看你前幾天就光爲他們跑腿了。”
“不會了，昨天的那些資料，就夠他們研究了。”小智拿起自己的項鍊，對着空中飛翔的波克基古招手，“波克基古，過來吧，今天你就可以進化了。”
“咕伊~~”波克基古聽到了小智的話，笑眯眯的飛了過來，看上去很開心。
見到這一幕，大家都圍了過來，準備見證波克基古進化的畫面。
波克基古向着大家鞠了一躬，便伸手輕觸了一下光之石，緊接着一道明黃色的光芒纏繞在波克基古的身上，在這片光芒之中，波克基古的身形不斷地變大，最後當光芒散去的時候，一隻白色的鳥兒出現在大家的面前。
這隻鳥兒看上去說不出的安詳平和，額上的三色羽毛還帶有幼時的特徵，赫然便是最終形態的波克基斯。
再次睜開眼的波克基斯看了一下自己的身體，嘗試着感受了一下身體的力量，最後一扇翅膀，再次的飛翔在天空。而這個時候，大家的目光全都隨着在天空中飛舞的波克基斯移動，沒錯，就是“飛舞”。
波克基斯，遠離發生糾紛之地不再出現，即使偶爾被發現，靠近時也會馬上消失，幾乎沒有幾個人可以有幸見到它。這是一隻喜愛和平的鳥兒，看到它的時候，大家的心全被撫慰了，彷彿不再有糾紛之心了。
“好了，快點下來吧，該喫午飯了，以後還有很多時間讓你飛翔。”小智對着天空招了招手，讓它下來喫飯。
“波克基斯~~~”波克基斯開心的飛了下來，跟着大家一起開始野餐。
就在這個溫馨快樂的時刻，一陣狂風颳過，突然出現了一隻快龍。
原來這隻快龍是一個信使，邀請衆人蔘加一個最強的訓練家大會。小智看到這個才恍然地想起，這一幕似乎就是劇場版“超夢的逆襲”的開幕。
怎麼辦？要不要去呢？貌似去那裏沒有什麼好處啊？
可是自己要是不去，超夢和夢幻的戰鬥就沒有人阻止了——不對，現在的我不是原本的小智了，自己能不能阻止他們的紛爭也說不一定。
算了，反正小心一點也是沒有問題的，到時候見機行事吧，且不說那裏遺留的資料，就是這場歷練對自己也是有好處的，相信只要自己不對他們存着壞心，應該不會受到什麼太大的傷害。
就這樣，經過了商量，小智他們決定前往新島探個究竟，在得知了喬伊小姐下落不明之後，小智便想起了新島上被控制的喬伊小姐，更加的覺得義不容辭了。
超夢爲了考驗大家，製造了人工的暴風雨，小智他們以及其他的訓練家開始各顯神通。
不說別的人，小智讓小霞使用暴鯉龍等水系小精靈載着衆人前進，其他的小精靈則進行護航。雖然一路上有些驚險，不過大家還是到達了目的地。而這個時候，他們才發現除了他們這一隊，到達終點的只有兩個訓練家。
小智並沒有跟周圍的人多做交談，只是開始閉目養神，思考一會應該有什麼對策。
超夢很明顯是超能系的小精靈，月精靈有着明顯的優勢，而且現在是夜晚，自從那次吸收了詛咒娃娃（娜姿的那個）的詛咒之力後，在夜晚他似乎戰鬥力更強，一會就讓它來對抗超夢。不過僅僅是這樣，恐怕也是不行的，超夢會的絕招肯定還有別的系，到時候……哎，怎麼這麼麻煩啊，記得原著小智好像就不小心死過去一次。真是頭疼啊！
算了，還是見招拆招吧，一會主要還是得靠夢幻來解決，就先找找他吧。
想出了對策，小智與在自己身旁一直守着的利魯歐進行心靈交流。
利魯歐從小智那裏得知了此次行動的危險性之後，點了點頭，開始與小智一起用波導之力尋找夢幻。
夢幻這個小東西，十分的調皮，雖然小智他用波導之力捕捉到了他的方位，但是很快的就被躲了開去，馬上又消失不見了。看來想要告訴夢幻這裏即將發生的事情，還真是有一定的難度。
就在這個時候，超夢出現了。
他的出現給衆人一陣震撼：所謂的最強的訓練家，居然是一隻未知的小精靈？
小智默默地注視着，對他所說的話不置可否，但是也贊同他所說的小精靈不能被當做工具的說法。
很快的，那兩個訓練家開始與超夢吵了起來，並且開始對戰。沒有想到的是超夢的小精靈雖然是複製品，但是因爲進行過了基因改造，所以各方面都非常的強大，無論是速度體力還是招式強度，都遠勝一籌。
小剛原本是打算派噴火龍也進行挑戰的，但是看到小智並沒有什麼反應，所以也並沒有出手，對此，小霞什麼也沒有說，只是堅定地站在小智的身邊。
很明顯這次的事情有些不對勁，想來小智也有了自己的決斷，小霞和小剛都決定支持小智的決定。
超夢最後終於注意到了小智，緩慢地對小智說道：“你的小精靈呢？你難道不要比試一下嗎？”
“沒那個必要，”小智無所謂的說，“每一隻小精靈，每一個個體都是獨一無二的，如果他們都跟你所設計的那樣，那這個世界也就不會多姿多彩的了。”
“每一個個體都是獨一無二的？”
“如果每一隻小精靈都像你創造出來的複製體一樣，那他們就不會有所謂的競爭了，”小智指着自己肩上的皮卡丘，“這是我的小精靈皮卡丘，雖然與別的皮卡丘一樣，會許多相同的招式，但是它性子調皮，擅長速度。”小智停頓了一下，“雖然他不是最完美的小精靈，但是卻是我一直在一起並肩戰鬥的小精靈，是我一直信任的夥伴。”
“哼，不要以爲這樣就可以說服我，”超夢不知道想起了什麼，“你們這些人類只會把小精靈當做工具利用，我不會再被你們欺騙了，也不會讓他們再被你們欺騙了！”說完，超夢雙手一揚，幾個黑色的精靈球飛起，前來捕捉他們的小精靈。
小智記得這個精靈球是超夢製作的，就算是小精靈被收進了精靈球，依舊可以捕捉。
既然如此，那就搏一搏，“小霞，小剛，這個精靈球有些古怪，大家集中在一起抵禦，”小智一邊招呼同伴，一邊對着自己的小精靈們說，“波克基斯，使用保護，其他的小精靈幫忙恢復體力，或者合力加強防禦。利魯歐，月精靈，出來準備迎戰。”
小智不知道這樣子有沒有用，但是他也顧不了那麼多了。
月精靈身爲惡系的小精靈，超夢的超能力是對他沒有用的，超夢在試探過幾次之後也就明白了，改用其他的招式進攻月精靈。而這個時候已經勉強和利魯歐波導貫通的小智，則開始與利魯歐一起迎戰超夢。而對決的絕招，正是波導彈！
見到飛射而來的波導彈，超夢眼眸微縮，也使用出波導彈。
神獸級別的超夢使用出來的波導彈，與合二人之力使出來的波導彈，勢均力敵。雙方之間的戰鬥日趨白熱化，小智的心神也完全的與利魯歐結合在一起——看上去，他很快就要做到完全的波導貫通了。
看到越來越默契的二人，超夢的心中，突然地有種陌生的情緒產生了。